Zapewnie masz DNS'a tylko na potrzeby AD wiec zapytania o pozostałe domeny przesyłasz dalej.

Jeżeli tak to pewnie musisz oczyścić cache dns'a.

Server LINK

Klinet ipconfig /flushdns

A czy można zrobić aby oczyszczał się sam jakoś regularnie ?

Po stronie klienta czy serwera ? Rekordy dns mają swoje TTL i to one głownie decydują o czasie odświerzania. Można to oczywiście ręcznie odświeżać jednak powinno mieć to miejsce tylko w wyjątkowych sytuacjach. 

Jeżeli zrobisz to tylko po stronie klienta to on odpytując serwer pośredniczący i tak dostanie "nieświeże" dane gdy zrobisz tylko po stronie serwera klient wogóle nie zapyta :)

Chodziło mi o dane serwera tak aby klient odpytywał i już dostawał z serwera aktualne informacje...

Właśnie próbowałem to wyjaśnić że problem jest bardziej złożony, jeżeli zrobisz to tylko na serwerze to klient po prostu nie zapyta o IP tylko weźmie go ze swojego cache o ile wcześniej już się o to odpytywał. 

Czy te zmiany odbywają się ąz tak często?

Nieee...

No to ja bym nie kombinował i zostawił domyślne ustawienia, a na przyszłość wiesz jak sobie poradzić.